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Madeleine Lemieux, Ph.D. |
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Coordonnées |
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| Bioinfo | Ottawa, Ontario |
| mlemieux[arobas]bioinfo.ca | |
| Téléphone | +1 617 595 6696 (cellulaire) |
Compétences |
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Études |
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| 09/90-12/95 | Doctorat, Programme en génétique, Université de Colombie-Britannique, Vancouver, Colombie-Britannique, sous la direction du Dr Connie J. Eaves du Terry Fox Laboratory for Hematology/Oncology. J'ai développé un système in vitro qui permet de distinguer les cellules souches du système sanguin d'autres cellules hématopoïétiques au potentiel plus restreint et m'en suis ensuite servie pour déterminer comment les caractéristiques clés de ces cellules souches évoluent en culture. |
| 09/82-04/87 | Baccalauréat spécialisé en mathématiques, Programme coopératif en informatique, Université de Waterloo, Waterloo, Ontario. Stages: IBM (2), Conseil national de recherches du Canada, Agence canadienne de développement international, Bell Northern Research (maintenant Nortel). |
Expérience |
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| Depuis 04/12 | Expert-conseil indépendent en bioinformatique, Bioinfo, Ottawa, Ontario. |
| 06/05-03/12 | Bioinformaticienne, Département d'oncologie pédiatrique, Dana-Farber Cancer Institute et École de médecine de Harvard, Boston, MA. En collaboration avec les Drs Andrew Kung et Vivienne Rebel, entre autres, j'élabore des pipelines pour intégrer les données d'analyses à haut débit, dont les technologies de séquençage nouvelle génération pour ChIP-seq et ARN-seq ainsi que les puces génomiques et d'expression, avec d'autres sources d'information à grande échelle telles les banques de données d'ontologie et d'interactions protéine-protéine afin de tester ou de générer des hypothèses. Je sers aussi de personne-ressource pour les questions d'hématopoïèse, de planification et d'analyse d'expériences pour mes collègues et j'aide à encadrer deux bioinformaticiens en stage post-doctoral. J'ai contribué à l'obtention de fonds et à la mise en place d'un réseau haute performance pour subvenir à la demande toujours croissante de capacité informatique de notre département. |
| 01/04-12/04 | Sans emploi mais sans chômer à Beijing, Chine. J'ai rencontré plein de gens supers, bien mangé, beaucoup voyagé tout en étudiant un peu de mandarin et de culture chinoise. J'ai aussi acquis une connaissance solide de Perl et de MySQL en m'immergeant dans le projet code ouvert BioPerl. |
| 06/00-12/03 | Expert-conseil en bioinformatique et en technologies informatiques, Bioinfo, Ottawa, Ontario. Fondatrice de Bioinfo et responsable de la conception et de la création de son site web. |
| 07/00-12/03 | Associée de recherche, Centre régional de cancérologie d'Ottawa, Ontario sous la direction du Dr Michael W. McBurney. Dans certains cancers, la croissance déréglée n'est pas due à une mutation mais plutôt à une carence dans l'expression de gènes de contrôle. Pour mieux comprendre ce processus, j'ai étudié les mécanismes d'extinction de l'expression génique dans des lignées de cellules embryonnaires. J'ai aussi examiné les conséquences de l'ablation du gène sir2 (silent information regulator 2) sur le développement de la souris et le rôle de la protéine encodée par ce gène dans le processus d'extinction génique. J'ai analysé les données de puces Affymetrix comparant l'expression de gènes dans des cellules souches embryonnaires exprimant ou non la protéine SIR2. En plus de mes travaux de recherche, j'ai aidé à encadrer des étudiants de tous niveaux et ai servi de personne-ressource pour les techniciens de laboratoire. |
| 01/99-06/00 | Stagiaire post-doctorale, Centre régional de cancérologie d'Ottawa, Ontario sous la direction du Dr Michael W. McBurney. J'ai éxaminé dans des cellules souches embryonnaires le processus par lequel la présence de copies multiples de transgènes déclenche la méthylation de l'ADN introduit et l'extinction rapide de son expression. |
| 06/96-01/99 | Stagiaire post-doctorale, Institut de recherche Loeb, Ottawa, Ontario, sous la direction du Dr Robert J. Haché. À l'aide de rapporteurs d'activité synthétiques introduits dans des lignées cellulaires, j'ai étudié l'impact de l'interaction du récepteur de glucocorticoïdes avec les protéines à homéodomaine (Hox) sur les niveaux d'expression. |
| 12/87-08/90 | Expert-conseil en microinformatique et programmeur, A.P.G. Inc., Ottawa, Ontario. |
Affiliation Professionnelle |
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| Membre depuis 2005 de la International Society for Computational Biology (ISCB) | |
Prix et bourses |
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| 2009 | Bourse de voyage RECOMB 2009, gracieuseté de la ISCB | 2007 | Bourse de voyage ISMB/ECCB, gracieuseté du Département de l'Énergie des États-Unis |
| 07/97-06/00 | Bourse de perfectionnement, Institut de recherche de la Société canadienne du cancer (IRSCC) |
| 09/92-08/95 | Bourse d'études Steve Fonyo, IRSCC |
| 06/92-08/92 | Bourse d'été de la Faculté de médecine, Université de Colombie-Britannique |
| 06/91-08/91 | Bourse d'été de la Faculté de médecine, Université de Colombie-Britannique |
| 09/82 | Prix d'excellence en anglais, Université de Waterloo |
| 09/82 | Prix René Descartes (Mathématiques), Université de Waterloo |
P. Anand, J.D. Brown, C.Y. Lin, J. Qi, R. Zhang, P.C. Artero, M.A. Alaiti, J. Bullard, K. Alazem, K.B. Margulies, T.P. Cappola, M. Lemieux, J. Plutzky, J.E. Bradner, S.M. Haldar. BET Bromodomains Mediate Transcriptional Pause Release in Heart Failure. Cell (2013) Aug 1;154(3):569-82.[Abrégé]
K. Takada, D. Zhu, G.H. Bird, K. Sukhdeo, J.J. Zhao, M. Mani, M. Lemieux, D.E. Carrasco, J. Ryan, D. Horst, M. Fulcitini, N.C. Munshi, W. Xu, A.L. Kung, R.A. Shivdasani, L.D. Walensky, D.R. Carrasco. Targeted Disruption of the BCL9/β-Catenin Complex Inhibits Oncogenic Wnt Signaling. Sci Transl Med (2012) Aug 22;4(148):148ra117.[Abrégé]
M.M. Matzuk, M.R. McKeown, P. Filippakopoulos, Q. Li, L. Ma, J.E. Agno, M.E. Lemieux, S. Picaud, R.N. Yu, J. Qi, S. Knapp, J.E. Bradner. Small-Molecule Inhibition of BRDT for Male Contraception. Cell (2012) Aug 17;150(4):673-84.[Abrégé]
S.N. Zimmer, M.E. Lemieux (co-premier auteur), B.P. Karia, C. Day, T. Zhou, Q. Zhou, A.L. Kung, U. Suresh, Y. Chen, M.C. Kinney, A.J.R. Bishop, V.I. Rebel. Mice heterozygous for CREB binding protein are hypersensitive to γ-radiation and invariably develop myelodysplastic/myeloproliferative neoplasm. Exp Hematol (2012) Apr;40(4):295-306.e5. Epub 2011 Dec 20.[Abrégé]
M.E. Lemieux, Z. Cheng, Q. Zhou, R. White, J. Cornell, A.L. Kung and V.I. Rebel. Inactivation of a single copy of Crebbp selectively alters pre-mRNA processing in mouse hematopoietic stem cells. PLoS One (2011) 6(8):e24153. Epub 2011 Aug 25.[Abrégé]
J.E. Delmore, G.C. Issa, M.E. Lemieux, P.B. Rahl, J. Shi, H.M. Jacobs, E. Kastritis, T. Gilpatrick, R.M. Paranal, J. Qi, M. Chesi, A.C. Schinzel, M.R. McKeown, T.P. Heffernan, C.R. Vakoc, P.L. Bergsagel, I.M. Ghobrial, P.G. Richardson, R.A. Young, W.C. Hahn, K.C. Anderson, A.L. Kung, J.E. Bradner and C.S. Mitsiades. BET bromodomain inhibition as a therapeutic strategy to target c-Myc. Cell (2011) Sep 16;146(6):904-17. Epub 2011 Sep 1.[Abrégé]
B.E. Schwartz, M.D. Hofer, M.E. Lemieux, D.E. Bauer, M.J. Cameron, N.H. West, E.S. Agoston, N. Reynoird, S. Khochbin, T.A. Ince, A. Christie, K.A. Janeway, S.O. Vargas, A.R. Perez-Atayde, J.C. Aster, S.E. Sallan, A.L. Kung, J.E. Bradner and C.A. French. Differentiation of NUT midline carcinoma by epigenomic reprogramming. Cancer Res (2011) Apr 1;71(7):2686-96. Epub 2011 Mar 29.[Abrégé]
B.G. Wilson, X. Wang, X. Shen, E.S. McKenna, M.E. Lemieux, Y.J. Cho, E.C. Koellhoffer, S.L. Pomeroy, S.H. Orkin and C.W. Roberts. Epigenetic antagonism between polycomb and SWI/SNF complexes during oncogenic transformation. Cancer Cell (2010) Oct 19;18(4):316-28.[Abrégé]
E.A. Kimbrel, M.E. Lemieux, X. Xia, T.E. Davis and A.L. Kung. Systematic in vivo structure-function analysis of p300 in hematopoiesis. Blood (2009) 114:4804-4812. Epub 2009 Oct 12. [Abrégé]
X. Xia, M.E. Lemieux, W. Li, J.S. Carroll, M. Brown, X.S. Liu et A.L. Kung. Proc Natl Acad Sci USA (2009) Mar 17;106(11):4260-5. Epub 2009 Mar 2. [Abrégé]
T.V. Kolesnikova, A.R. Kazarov, M.E. Lemieux, M.A. Lafleur, S. Kesari, A.L. Kung et M.E. Hemler. Neoplasia (2009) Jan;11(1):77-86, 4p following 86. [Abrégé]
A.V. Krivtsov, Z. Feng, M.E. Lemieux, J. Faber, S. Vempati, A.U. Sinha, X. Xia, J. Jesneck, A.P. Bracken, L.B. Silverman, J.L. Kutok, A.L. Kung et S.A. Armstrong. H3K79 methylation profiles define murine and human MLL-AF4 leukemias. Cancer Cell (2008) Nov 4;14(5):355-68. [Abrégé]
D.S. Ziegler, R.D. Wright, S. Keshari, M.E. Lemieux, M.A. Tran, M. Jain, L. Zawel et A.L. Kung. Resistance of human glioblastoma multiforme cells to growth factor inhibitors is overcome by blockade of inhibitor of apoptosis proteins. J Clin Invest (2008) Sep;118(9):3109-22. [Abrégé]
L. Bordone, M.C. Motta, F. Picard, A. Robinson, U.S. Jhala, J. Apfeld, T. McDonagh, M. Lemieux, M. McBurney, A. Szilvasi, E.J. Easlon, S.J. Lin, L. Guarente. Sirt1 regulates insulin secretion by repressing UCP2 in pancreatic beta cells. PLoS Biol (2006) Feb;4(2):e31. [Abrégé]
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M.W. McBurney, X. Yang, K. Jardine, M. Bieman, J. Th'ng et M. Lemieux. The Absence of SIR2alpha Protein Has No Effect on Global Gene Silencing in Mouse Embryonic Stem Cells. Mol Cancer Res (2003) Mar;1(5):402-9. [Abrégé]
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M.E. Lemieux, S.M. Chappel, M. Hale, C.L. Miller, R.K. Humphries et C.J. Eaves. Differential ability of Flt3 ligand, interleukin-11 and Steel factor to support the generation of B cell progenitors from primitive murine fetal liver cells. Exp Hematol (1997) 25(9):951-957. [Abrégé]
M.E. Lemieux et C.J. Eaves. Identification of properties that can distinguish primitive populations of stromal-cell-responsive lympho-myeloid cells from cells that are stromal-cell-responsive but lymphoid-restricted and cells that have lympho-myeloid potential but are also capable of competitively repopulating myeloablated recipients. Blood (1996) 88(5):1639-1648. [Abrégé]
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M.E. Lemieux, V.I. Rebel, P.M. Lansdorp et C.J. Eaves. Characterization and purification of a primitive hematopoietic cell type in adult mouse marrow capable of lympho-myeloid differentiation in long-term marrow "switch" cultures. Blood (1995) 86(4):1339-1347. [Abrégé]